清华大学数学系考研的科目主要包括以下几门：

思想政治理论（101）

英语一（201）

数学分析（643）

高等代数（840）

此外，根据报考的研究方向，可能还需要参加复试时的专业综合考试，内容可能包括：

抽象代数

泛函分析

数值分析

概率论与数理统计

计算方法

最优化方法等

具体的考试科目可能会根据每年的情况有所调整，建议直接咨询清华大学研究生招生办公室或查看最新的招生简章获取最准确的信息。