根据搜索结果，重庆制药工程考研的科目设置需结合全国统考科目与专业方向要求，具体如下：

一、初试科目

思想政治理论

全国统考科目，满分100分，主要考察政治素质和思想道德水平。

英语二

全国统考科目，满分100分，考察英语综合应用能力。

数学二

全国统考科目，满分150分，涵盖高等数学、线性代数、概率论等内容。

专业课

根据报考方向不同，需选择化工原理或生物化学/制药工艺学，满分150分。

二、复试科目

制药工程学（或相关科目）

多数院校要求考制药工程学（含计算器），部分院校可能要求化工原理或生物化学。

三、注意事项

院校差异

不同院校可能对专业课有具体要求，例如中国药科大学要求813化工原理，而其他院校可能接受制药工艺学等替代。

方向相关性

- 化学制药方向：

重点考察化工原理、制药工艺学。

- 生物制药方向：侧重生物化学、药物分析。

- 中药制药方向：可能涉及天然药化、生药学等科目。

备考建议

建议以目标院校最新招生简章为准，并结合自身研究方向有针对性复习。可通过教材、历年真题及考研辅导课程巩固知识。

以上信息综合了多个权威来源，具体以报考院校官方通知为准。